2000 - 2008

Sezóna 2000/2001 - nečekaný úspěch

Experti před začátkem ročníku 2000/2001 pasovali St. Pauli do role jasného kandidáta na sestup. Realita však byla jiná. Vždyť po úvodních dvou kolech se St. Pauli vyhřívalo na špici tabulky s 6 body a všeříkajícím skóre 11:3. Na konci sezóny tak mužstvo nečekaně bojovalo o postup do nejvyšší soutěže. Ve 32. kole vybojovali Kiezkickers těsné vítězství 1:0 na hřišti Aachenu. V následujícím, předposledním 33. kole, St. Pauli jen remizovalo s Hannoverem a tak se všechna pozornost i naděje fanoušků upnuly k poslednímu zápasu. A nebyl to ledajaký zápas, cestovalo se totiž na horkou půdu lídra tabulky z Norimberka. Ještě v poločase svítilo na tabuli skóre 1:1, v 76. minutě však zajistil 3 body pro St. Pauli Deniz Baris. Tak se zrodil historicky 4. postup FC St. Pauli do Bundesligy!

Ze základních pilířů tehdejšího kádru jmenujme alespoň trio Thomas Meggle (dnes člen realizačního týmu), Marcel Rath a Ivan Klasnič (později působící například ve Werderu Brémy či v Boltonu a také v reprezentaci Chorvatska).

Sezóna 2001/2002 - zpátky do 2. Bundesligy

Bundesligová anabáze v ročníku 2001/2002 se dá shrnout jedním výstižným slovem - katastrofa. St. Pauli dokázalo pouze čtyřikrát zvítězit a od záchrany mezi elitou je nakonec dělilo propastných 12 bodů.

Jeden úspěch však hnědo-bílí přeci jen zaznamenali. 6. února 2002 si z Millerntot-Stadionu odvezl porážku 1:2 Bayern Mnichov. A to prosím v době, kdy byl celek z Bavorska úřadujícím mistrem Bundesligy, vítězem Ligy mistrů a vítězem Interkontinetnálního poháru! Výsledek se nesmazatelně zapsal do historie a ve fanshopu St. Pauli můžete ještě dnes pořídit tričko s nápisem "Weltpokalsiegerbesieger", připomínající památné vítězství.

Sezóna 2002/2003 - volný pád

Letní přestávka před startem nové sezóny se nesla ve znamení četných odchodů. Millerntor opustila taková jména, jako Thomas Meggle, Marcel Rath či Zlatan Bajramovic.

Po dvou vysokých porážkách na úvod musel balit kufry i trenér Didi Demuth. Nahradil ho Joachim Philipkowski, ale ani on nedokázal mužstvo zvednout a zabránit sestupu do 3. ligy. K dovršení neštěstí se ukázalo, že klub má značné finanční potíže a reálně hrozilo, že bude St. Pauli pro nesplnění pravidel svazu přeřazen až do 4. nejvyšší soutěže.

Okamžitě započaly práce s cílem klub zachránit. Město Hamburk odkoupilo za cca. 700 000 Euro mládežnické centrum St. Pauli, bylo ovšem potřeba shromáždit mnohem větší sumu prostředků a tak odstartovala tzv. "Retter-Kampagne" (doslova "Kampaň za záchranu"). V rámci ní se prodávaly trička (prodalo se jich více jak 140 000, dnes jsou stále ještě dostupná ve fanshopu), přispěl dokonce i Bayern Mnichov, když do Hamburku přicestoval k přátelskému utkání "Weltpokalsiegerbesieger gegen Weltpokalsieger", jehož výtěžek putoval právě na záchranu klubu. Když tehdy ze šatny k lavičkám procházel kolem tribun manažer Bayernu Uli Hoeness oblečený do trika "Retter-Kampagne", provázel ho bouřlivý potlesk na otevřené scéně. Dokonce i mnohé bary a hospody v Hamburku posílaly část peněz z každého prodaného drinku na záchranu St. Pauli!

Klub nakonec díky společnému úsilí funkcionářů a fanoušků dal dohromady potřebné peníze, načež fotbalový svaz udělil licenci pro účinkování ve 3. lize.

Sezóna 2003/2004 - 3. liga

Po zažehnání finančních potíží se mohli všichni začít soustředit na novou sezónu, po dlouhé době tentokrát ve 3. lize. Fanoušci opět prokázali svou naprostou oddanost, když se na sezónu 2003/2004 prodalo neuvěřitelných 11 700 permanentek!

Kádr prošel razantní proměnou a nový kouč Franz Gerber musel z mladíků a nově příchozích hráčů sestavit co nejlépe fungující celek. Novou hvězdou se stal Morad Bounoua, který nastřílel 11 branek. Při domácí výhře nad Kolínem dokonce on sám vstřelil všechny 4 góly.

Na začátku roku 2004 utrpělo St. Pauli sérii tří porážek v řadě, což mužstvo nebezpečně přiblížilo sestupovým příčkám, což trenéru Gerberovi definitivně "zlomilo vaz". Nový trenér Andreas Bergmann poté dovedl mužstvo na 8. místo a St. Pauli si tím pádem prodloužilo pobyt ve 3. lize o dolaší rok.

Sezóna 2004/2005 - setrvání ve 3. lize

Ani druhý rok ve 3. nejvyšší soutěži nepřinesl kýžený postup. Mužstvo si v konečném zúčtování polepšilo pouze o jednu příčku a skončilo sedmé. Nejlepším střelcem se stal s 10 zásahy Sebastian Wojcik. V defenzivní řadě už nastupovala trojice Gunesch, Lechner a Morena, ani jeden z nich už ovšem v klubu dnes není (poslední odešel dlouholetý kapitán Fabio Morena).

Přestože St. Pauli nepostoupilo, fanoušci tým nezatratili. Jejich neotřesitelná podpora položila základ pro další postupový boj.

Sezóna 2005/2006 - do třetice

Návrat ztraceného syna Thomase Meggleho byl fanoušky považován takřka za příchod spasitele. Jeho přítomnost v sestavě způsobila, že všichni rázem viděli postup velmi reálně. Výsledkem však bylo bohužel jen další polepšení si o jedno místo v tabulce.

Thomas Meggle nezklamal, spolu s Felixem Luzem a Michelem Mazingu-Dinzeym střelecky táhli mužstvo, všichni se přehoupli přes hranici 8 vstřelených branek.

V Německém poháru postoupilo St. Pauli dokonce až do semifinále. Perličkou je, že všichni soupeři začínali na písmeno "B". Od prvního kola to byla tato mužstva: Bochum, Hertha Berlín, Brémy a Bayern Mnichov.

Sezóna 2006/2007 - návrat do 2. Bundesligy

Pro sezónu 2006/2007 byl stanoven jasný cíl - návrat do 2. Bundesligy. 4 roky ve 3. lize už se zdály být až moc.

Sezóna však nezačala nijak povzbudivě, po 17. odehraných kolech bylo St. Pauli až 12, tedy na zcela opačném pólu tabulky, než se očekávalo. Během té doby také klub vypadl z Německého poháru, stopku mu vystavil opět Bayern Mnichov po těsném vítězství 2:1.

V listopadu 2006 vedení po neuspokojivých výkonech přistoupilo k výměně trenéra. Andrease Bergmanna vystřídal na lavičce Holger Stanislawski.

St. Pauli pod vedením nového kouče dokázalo hned čtyřikrát v řadě zvítězit, na konci dubna 2007 pak už Kiezkickers stanuli po vítězství nad rezervou Werderu Brémy na vrcholu tabulky. Do Brém tehdy přijelo fandit víc jak 8000 příznivců St. Pauli. Závěrečná remíza s Dynamem Drážďany už nic nezměnila na faktu, že St. Pauli hlásí návrat do 2. Bundesligy.

Sezóna 2007/2008

Před novou sezónou St. Pauli zajímavě posílilo. Z Bochumi přišel Čech Filip Trojan, z Drážďan byl angažován Alexander Ludwig a obranu vyztužil z Mainzu se navrátivší Ralph Gunesch.

Hned úvodní zápas znamenal zatěžkávací zkoušku, St. Pauli si však s Bayerem Leverkusenem poradilo díky brance Fabiana Bolla.

Druhou Bundesligu se nakonec podařilo uhájit především díky plodné sérii mezi 25. a 31. kolem, během níž Kiezkickers pětkrát získali plný počet bodů. Definitivní jistotu udržení se v soutěži dala porážka Aue ve 31. kole.

Během tohoto ročníku mimo jiné také zdárně proběhla rekonstrukce Millerntor-Stadionu.